非靶代謝物的檢測對代謝物的檢測無偏向性，并不會根據客戶感興趣代謝物種類進行針對性的提取，所以檢測到的代謝物可能不是關注的結果。非靶代謝檢測技術對于信號強度比較低的代謝物會有干擾，其信號可能會被掩蓋，就不能很好的鑒定到。目前沒有哪一種技術可以一次鑒定到所有的代謝物。如果有明確的研究方向，建議采用靶向代謝組學針對關注的代謝物進行檢測。