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組學平臺

宏基因組學分析

儀器型號

Hitachi Regulus8100，Sigma 300；Zeiss Gemini 300； Hitachi S4800；JSM-7800F；蔡司 Supra 55等

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詳細介紹
 
項目介紹
 
宏基因組學（Metagenomics），又稱元基因組學。以特定生境中的整個微生物群落為研究對象，采用高通量測序技術，獲得環境微生物基因組信息總和，以研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能以及代謝通路等。宏基因組測序技術促進了微生物資源的開發利用，并加速了微生態科研進程的深度研究。
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樣本要求
 
1. 環境樣本：土壤5-10 g，污泥/沉積物5-10 g，水體-濾膜過濾至有可見覆蓋物，糞便3-5 g，血液10 mL；
2. DNA：總量 ≥ 1 μg，濃度 ≥ 10 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解，無污染；
3. 送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封；
4.樣品保存期間切忌反復凍融，送樣時使用干冰運輸。
 
結果展示
 
1. 環境樣本：土壤5-10 g，污泥/沉積物5-10 g，水體-濾膜過濾至有可見覆蓋物，糞便3-5 g，血液10 mL；
2. DNA：總量 ≥ 1 μg，濃度 ≥ 10 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解，無污染；
3. 送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封；
4.樣品保存期間切忌反復凍融，送樣時使用干冰運輸。
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常見問題
 
question 
16S測序和宏基因組測序有什么區別？
① 測序原理不同
16S測序是將提取好的微生物基因組DNA，通過對某一段或幾段高變區序列(V4區或V3-V4區)進行PCR擴增，建庫后進行測序。
宏基因組測序則是將微生物基因組DNA隨機打斷成300-500bp的小片段，在片段兩端加入測序接頭，然后進行測序。
② 物種鑒定深度不同
16S測序得到的序列很多注釋不到種水平，而宏基因組測序則能鑒定微生物到種水平甚至菌株水平。
③ 研究目的不同
16S測序主要研究群落的物種組成、物種間的進化關系以及群落的多樣性。宏基因組測序在16S測序分析的基礎上還可以進行基因和功能層面的深入研究(GO、Pathway等)

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