特定波長的激光束直接照射到高壓驅動的液流，產生的光信號被多個接收器接受，一個是在激光束直線方向上接收到的散射光信號(前向角散射)，其他是在激光束垂直方向上接收到的光信號，包括散射光信號(側向角散射)和熒光信號。0.2-150μm的直徑大小的在液流中的細胞能夠使激光束發出散射光，散射光信號和熒光信號被相應的接收器接收，根據信號的強弱波動就能反映出每個細胞的物理化學特征。

　　流式細胞術可以定量檢測樣品細胞的物理化學特征，定量是以光信號為基礎的，分析接收到的激光照射到細胞后的散射光信號和熒光信號完成定量分析。

　　樣本細胞需要標記熒光染料或者熒光素偶聯抗體被激光照射激發后才能發射熒光信號，從而得到樣本細胞的表達某些抗原分子強弱的化學特征，否則只能通過散射光得到樣本的體積大小和顆粒度等物理學特征。