WB利用 SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳 (SDS-PAGE)，將抗體作為探針，標記的二抗作為顯色工具，來分離指定樣品中包含的各種蛋白質。將分離的蛋白質樣品轉移到固相載體(如硝酸纖維素或PVDF 膜)上，固相載體以非共價鍵形式吸附蛋白質，且能保持電泳分離的多肽類型及其生物學活性不變。接下來，將膜與對感目標蛋白質的特異抗體一起孵育。在洗膜過程中，未結合的抗體被洗掉，只留下與目標蛋白質結合的抗體，最后通過顯影膠片或熒光掃描來檢測結合的抗體。

　　根據原理，蛋白免疫印跡可分為兩種方法：直接法、間接法。

　　表1. 兩種方法的優缺點