代謝組學主要檢測平臺有 GC-MS、LC-MS 和 NMR。所有的樣品類型都可以用這 3 種平臺檢測，但目前 GC-MS、LC-MS 均能分析范圍很廣的代謝組分，因此兩者都是代謝組學研究分析中很重要的工具。

　　LC-MS 技術對待測組分的揮發性和熱穩定性沒有要求，不需繁瑣的衍生化步驟，樣品前處理簡單，檢測溫度低，分離物質快速、高效，LC 與 MS 高靈敏度、高專屬性的優點結合，與 GC-MS 相比較可以鑒定更廣的物質范圍，此特別適用于微量復雜混合物的分離和高通量研究，是目前代謝組學研究中最常用的分析技術。

　　GC-MS 技術氣相色譜是一項成熟的分析技術，GC 的高效分離結合 MS 的結構鑒定功能，使 GC-MS 具有高精密度、靈敏度及耐用性，成為代謝組學研究的重要平臺之一。它與 LC-MS相比，優勢在于可從標準譜圖庫中獲得化合物結構信息，易對代謝物進行定性。不足之處為對于不揮發性組分如生物體系中極性比較大的糖類、氨基酸等成分的分析，需要進行衍生化才能得到較多的代謝組分信息。多種平臺可以同時使用，具體選擇哪種平臺需要根據研究目的具體分析。