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病原微生物宏基因檢測(mNGS, metagenomic Next Generation Sequencing)是一種利用高通量測序技術對臨床樣本中的全部核酸進行測序,以識別其中存在的所有病原微生物的技術。與傳統(tǒng)的微生物檢測方法相比,mNGS提供了更廣泛的檢測范圍和更高的敏感性,因為它不需要預先假設病原體的類型,也不依賴于微生物的培養(yǎng)。
mNGS的工作流程大致如下:
樣本采集:從患者處采集相關的生物樣本,如血液、腦脊液、呼吸道分泌物、糞便等。
核酸提取:從樣本中提取DNA和RNA。
文庫構建:將提取的核酸轉化為適合測序的文庫。
測序:使用高通量測序平臺對文庫進行測序,生成數(shù)百萬至數(shù)十億條短序列讀取。
數(shù)據(jù)處理:通過生物信息學軟件對測序數(shù)據(jù)進行過濾、比對和分析,識別出樣本中可能存在的病原微生物。
結果解釋:基于分析結果,確定潛在的病原體,并評估其致病可能性。
mNGS在病原微生物檢測中的優(yōu)勢包括:
e測試檢測:能夠同時檢測多種類型的病原體,包括細菌、病毒、真菌和寄生蟲。
未知病原體檢測:可以檢測到新出現(xiàn)或未知的病原體,這對于應對突發(fā)傳染病尤為重要。
快速響應:與傳統(tǒng)培養(yǎng)方法相比,mNGS可以更快地提供診斷結果,有助于及時治療和控制疫情。
抗藥性基因檢測:能夠檢測病原體攜帶的抗藥性基因,指導精準用藥。
然而,mNGS也存在一些挑戰(zhàn),比如成本較高、數(shù)據(jù)分析復雜且需要專門機構的專業(yè)人員、可能存在假陽性和假陰性結果等。盡管如此,mNGS已成為現(xiàn)代感染性疾病診斷中的一項重要工具,特別是在處理難治性感染和不明原因發(fā)熱等復雜病例時。
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