樣品制備：首先，將樣品快速冷凍，一般采用液氮或其他冷凍設備瞬間冷卻至低溫狀態，以確保樣品結構的瞬時固定。

　　冷凍斷裂(可選)：某些情況下，可能需要在冷凍條件下對樣品進行斷裂，以便觀察內部結構。

　　升華去除水分：樣品隨后進入冷凍制樣室，在高真空環境下進行升華處理，即讓固態冰直接轉化為氣態，去除樣品表面的冰層。

　　鍍膜處理：為了提高樣品的電子散射能力并在觀察過程中減少電子束造成的荷電效應，通常會對冷凍樣品進行鍍膜，如噴金或噴碳。

　　低溫傳輸與觀察：最終，通過冷凍傳輸系統將樣品保持在低溫狀態下轉移到掃描電鏡樣品室內的冷臺上(溫度可維持在-140℃至更低)，在這樣的低溫環境中進行觀察和成像。