1. 細菌培養：選擇適當的培養基，按照所需的實驗條件培養目標細菌。細菌生長的階段(對數期、穩定期等)會對樣品的形態產生不同影響，最常使用的是對數生長期的細菌。

　　2. 細菌收集：冷藏或離心法收集培養液中的細菌。離心速度一般設定為4000-6000 rpm，時間在10-15分鐘，以便獲得足夠量的細菌沉淀。

　　3. 固定化：這一過程是樣品制備中z為重要的一步，固定液的選擇通常為戊二醛和甲醇，比例可根據細菌特點靈活調整。固定時間一般為1-2小時，固定步驟中需注意避免氣泡產生，確保樣品均勻浸泡。

　　4. 洗滌：使用適量的緩沖液對固定后的細菌進行洗滌，通常采用磷酸鹽緩沖液(PBS)，洗滌時間為10-15分鐘，這一過程有助于去除殘留的固定劑。

　　5. 脫水：通過梯度乙醇法對樣品進行脫水，通常從30%乙醇開始，逐步遞增到100   %。每一濃度的乙醇處理時間為10-15分鐘，這一步驟十分重要，它直接關系到樣品在后續處理中的穩定性。

　　6. 包埋：脫水后，將細菌樣品轉移至適合的包埋介質中，常用的包埋劑包括Epon、Araldite等。包埋時間一般需要12-24小時，包埋過程中要避免氣泡的產生，并確保細菌能夠完全浸透。

　　7. 切片：利用超薄切片機將固化后的樣本切成薄片，厚度控制在50-100納米，切片后需使用銅網或其它導電材料托住樣本進行后續觀察。

　　8. 染色：針對細菌樣品，可以選擇重金屬染色(如鉛染色、烏喇染色)來提高對比度。這一過程通常需在真空環境下進行，以確保染液能充分滲透每一個細胞結構。