生命活動的根底是生物分子間以及生物分子與其它分子間的互相作用。分子互作目前分為三個大類：核酸與核酸互作、核酸與蛋白互作、蛋白與蛋白互作。

　　1、核酸與核酸互作

　　miRNA與mRNA結(jié)合調(diào)節(jié)體內(nèi)基因的表達(dá)，從而影響蛋白的表達(dá)、修飾、酶活性等生命活動的進(jìn)行。lncRNA作為體內(nèi)的ceRNA與miRNA結(jié)合起到調(diào)節(jié)基因表達(dá)的作用。研究lncRNA與miRNA的相互作用對于研究生命具有重要的意義。

　　MS2-RIP以及高靈敏度的雙螢光素酶技術(shù)被廣泛應(yīng)用于lncRNA和miRNA互做的研究。

　　MS2-RIP技術(shù)，其原理是通過帶Protein G磁珠的GEP抗體將相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物拉下來，經(jīng)過分離純化后通過q-PCR驗證或者測序?qū)Y(jié)合在復(fù)核物上的RNA進(jìn)行分析。

　　雙螢光素酶報告系統(tǒng)

　　雙螢光素酶報告基因通常是海腎熒光素酶為內(nèi)對照，使螢火蟲熒光素酶報告基因的檢測歸一化。其優(yōu)勢在于作歸一化可消除實驗過程中減弱實驗準(zhǔn)確度的變化，如培養(yǎng)細(xì)胞的數(shù)量、細(xì)胞轉(zhuǎn)染及裂解的效率等。

　　2、核酸-蛋白互作

　　相比核酸與核酸互作，核酸與蛋白互作更為常見。基因的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯、修飾等過程都離不開核酸和蛋白的互作。常用的研究方法：RNA pull down+質(zhì)譜(MS)、染色質(zhì)免疫共沉淀(chip)、凝膠遷移或電泳遷移率檢測(EMSA)、酵母單雜交(Yeast one-hybrid)、DNA pull down等。

　　RNA pull down

　　RNA pull down實驗利用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA 探針，與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。此復(fù)合物可與鏈霉親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，之后與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過WB 實驗檢測特定的RNA 結(jié)合蛋白是否與RNA 相互作用。若待檢測目的蛋白明確，選擇WB鑒定;若不明確，則可選擇質(zhì)譜鑒定。

　　DNA Pull down

　　DNA pull down實驗是針對待研究目的基因的調(diào)控區(qū)域設(shè)計并制備特異性探針;同時制備細(xì)胞核提取物;將探針和核提取物共同孵育，DNA結(jié)合蛋白就會和靶向序列特異性結(jié)合;然后，通過親和素磁珠純化蛋白質(zhì)DNA復(fù)合物;最后針對獲得的蛋白，使用WB驗證或者質(zhì)譜方式鑒定蛋白質(zhì)類型。