理論上，同一體系下，相同種類氨基酸測得的水解含量應該高于游離含量。游離氨基酸測定不需要經過酸解過程，直接取浸提液，上機進行測定，而水解氨基酸需要先用6M鹽酸在高溫下長時間消煮樣品，起到打斷肽鍵，測定所有樣品所含氨基酸的目的。因此， 如果在測水解氨基酸的酸解環節不去除原有游離氨基酸，測的就是包含游離氨基酸的，從結果也是無法區分游離量有多少的。我們實驗室默認酸解環節不去除原有游離氨基酸。